公共汽車:公車號令站設於航廈南側出口處 ,逐日行經機場班車23 班次。
1.經國家風景區管理處 → 馬公航空站
2.經武城 → 東衛 → 馬公航空站
3.經國軍醫院 → 馬公航空站
4.經龍門 → 湖西 → 馬公航空站
汽車出租:本站於到站出口處右邊設有租車櫃台,租到您需求之交通對象。
小馬小客車租賃公司:電話(06)9228788
計程車:計程車號令站設於航廈到站出口處,運費由機場至馬公郊區約 250-300元。
澎湖聯外海上交通 --
台華輪 高雄←→馬公 高雄售票專線:(07)5613886;馬公售票專線:(06)9264087
明日之星 嘉義←→馬公 布袋訂位專線:(05)3476210;馬公訂位專線:(06)9279720
澎湖縣公共車船管理處 (06)9270334