總統府，迄今已有600多年的歷史。明朝初年曾是歸德侯府和漢王府。清朝為江寧織造署、江南總督署、兩江總督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南時均以此為“行宮”。1853年3月太平軍占領南京，定都天京，洪秀全在此興建了規模宏大的太平天國天朝宮殿（天王府）。清軍攻破南京後，焚毀宮殿建築，於同治九年（1870）重建了兩江總督署。林則徐、曾國藩、李鴻章、劉坤一、沈葆楨、左宗棠、張之洞、端方等均任過兩江總督。
1911年10月辛亥革命爆發後，1912年1月1日，孫中山在此處宣誓就任中華民國臨時大總統，並組建了中國歷史上第一個共和制的國家政權——中華民國臨時政府。1912年4月，臨時政府結束，在這裏成立了以黃興為留守的南京留守府 ；1913年“二次革命”中 ，又成為討袁軍總司令部，黃興、何海鳴先後任司令。1913年至1927年，這裏先後成為江蘇都督府、江蘇督軍署、江蘇將軍府、江蘇督辦公署、副總統府、宣撫使署、五省聯軍總司令部、直魯聯軍聯合辦事處等機構。軍政主官有程德全、張勛、李純、齊燮元、盧永祥、馮國璋、孫傳芳、楊宇霆、張宗昌等人。
1927年4月南京國民政府成立後不久，即於9月移駐這裏辦公。1928年10月，國民政府實行"五院制"，辟國民政府東院（東花園）為行政院辦公處 ，國府西院（西花園）為國民政府參謀本部和主計處。至1937年11月，譚延闿、蔣介石、林森先後任國民政府主席；譚延闿、宋子文、蔣介石、陳銘樞（代理）、孫科、汪精衛先後任行政院長 ；李濟深、何應欽、朱培德、蔣介石、程潛先後任總參謀長；陳其采為主計長。1937年12月南京淪陷後，國民政府先後成為日軍第16師團部和偽維新政府行政院，以及汪偽政府的立法院、監察院和考試院；國府東院成為偽交通部、鐵道部等機構；國府西院成為偽軍事參議院。
1946年5月，國民政府"還都"南京後，這裏仍為國民政府所在地。東花園成為國民政府社會部、地政部、水利部和僑務委員會；西花園則成為國民政府主計處、軍令部，總統府軍務局、首都衛戍總司令部。1948年5月20日，蔣介石、李宗仁在"行憲國大"分別當選總統和副總統後，國民政府改稱總統府。1949年4月23日南京解放，24日，中國人民解放軍占領總統府。從此，揭開了中國歷史新的一頁。
南京解放後的近50年中，總統府一直作為機關的辦公場所。 自20世紀80年代以來，機關單位陸續搬遷，並於1998年在總統府舊址之上，開始籌建南京中國近代史遺址博物館。經過精心的規劃和五年的建設，至2003年已初具規模。目前，博物館總占地面積為9萬平方米，共分三個參觀區域。中區（中軸線）主要是國民政府、總統府及所屬機構；西區是孫中山的臨時大總統辦公室、秘書處和西花園，以及參謀本部等；東區主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列，則分布在這三個區域中。
今天，總統府正以諸多保存完好的近代中西建築遺存，國內獨一無二且厚重的歷史文化氛圍，珍貴的文物和史料，風景優美的自然環境，以及近30000平方米的休閑服務區，熱情地歡迎來自全國和海內外的佳賓。
